Batman lo incontrerà per tre volte, inseguendolo con la Batmobile e attaccandolo quando sarà abbastanza vicino. He also seemed psychopathic, and displayed no regard for the "weak" that Batman protected, and was contemptuous of the Dark Knight's principles and mercilessly killed those he deemed deserving, such as the second Electrocutioner and remaining members of Joker's gang, in cold blood. Se si sceglierà di uccidere Batman, quest'ultimo disarmerà Azrael e lo condurrà in carcere; se, invece, si sceglierà di non farlo, Azrael si guadagnerà il rispetto di Batman e, dopo averlo salutato, prometterà vendetta contro l'Ordine. Quest'ultimo, infatti, dopo l'incontro ad Arkham City, intendeva usare le fattezze di Bruce per rubargli tutto e ora vuole che gli venga portato il vero Wayne. L'obiettivo della missione è disattivare tutte e 21 le torri di controllo della milizia; anch'esse verranno allestite in diversi momenti della storia e si consistono in una serie di torrette che spareranno a vista su Batman. Gotham è salva per ora, ma quella non era la fine del piano di Spaventapasseri e il Cavaliere di Arkham, nel frattempo, oltre ad aver rapito Barbara ha dispiegato i suoi uomini per tutta la città rendendola, di fatto, una zona di guerra. Il nostro eroe riesce a entrare nella Batmobile, visibilmente spossato a causa della tossina, e, dopo aver trovato un'altra pianta gigante, distrugge i blindati di supporto al carro armato contenente il Nubifragio, guidato dal Cavaliere di Arkham in persona. Batman decide di distruggerla lui stesso per impedire la resurrezione di Ra's, ma dopo aver prelevato una dose del bagno alchemico viene fermato dai ribelli; inaspettatamente, si scopre che il loro capo è Nyssa Raatko, la sorella di Batman e Nightwing ispezionano l'Iron Heights, un dirigibile-prigione che ospitava Killer Croc, dopo che questi è precipitato nelle acque che circondano Gotham. Dopo l'uscita del gioco sono state rilasciate alcune mini-espansioni, chiamate In questo episodio, il videogiocatore indosserà i panni di Harley Quinn. Barbara avverte Bruce che Jack Ryder, il famoso reporter, è scomparso mentre si trovava sull'isola della Lady of Gotham. Barbara e Tim, però, tornano dalla luna di miele e Robin viene inviato a fermare Harvey; Tim sarà messo a dura prova, dovendo per la prima volta affrontare da solo un così grande pericolo, ma, motivato da Barbara, capisce di poter essere migliore di Batman e di poter fare cose grandi anche da solo. La psicopatica fidanzata di Joker vuole prendere con sé gli individui infettati dal sangue del suo amato perché crede che in loro sia ancora vivo lo spirito del clown principe del crimine. Anche se a volte ci si ritroverà impegnati in scontri a corpo a corpo la maggior parte delle guardie sulle torri sono armate e la missione prevede un approccio più stealth. Cappellaio Matto si è costituito al GCPD rivelando di aver catturato tre poliziotti e di aver imbottito le loro auto di esplosivo. Dopo aver distrutto i droni, Batman ordina a Poison Ivy di andarsene; i miliziani hanno compreso la funzione della pianta e conoscono la posizione di Ivy, perciò restando lì sarebbe in pericolo. In Batman: Arkham Origins and Batman: Arkham Knight, certain alternate skins have capes that don't extend all the way from arm-to-arm while gliding, instead resulting in Batman visibly holding his uncovered arms in the same position as normally while gliding. Volendo distruggere la leggenda di Batman, Crane ordina al commissario di smascherare il Crociato Incappucciato davanti a una telecamera che trasmette in tutto il mondo, minacciando Robin con una pistola. Batman defeated the thugs guarding it as the Arkham Knight watched. Il paladino sostiene che ci sarà bisogno di un nuovo Batman e questi, vedendo in lui un possibile successore, lo sottopone a diverse simulazioni in Realtà Aumentata dove non potrà usare la sua spada.
A questo punto, Gordon punta la pistola contro Batman: il rapimento del commissario era tutto un trucco per incastrare l'eroe di Gotham. è operativo. Batman decripta il messaggio scoprendo che si tratta del commissario Gordon e decide di andare a salvarlo rintracciandolo col numero identificativo della radio di questi.